办公室：协助院领导组织协调政务工作；办理院务会、院长办公会等会议事务，起草院领导交办的重要文件；负责文秘、档案、机要、保密工作，以及资产、财务、装备、信息化建设和其他行政事务管理工作。

联系电话：0592-5289987

立案庭：负责本院管辖案件的起诉和立案工作；根据当事人申请，依法采取诉前保全和证据保全措施；处理诉讼与非诉案件的来信来访工作；办理案件上诉、申诉及其他有关的工作事项。

联系电话：0592-5285222

海事审判庭：负责审理由本院管辖的海事一审案件；办理海事案件审判的其他相关工作事宜。

联系电话：0592-5289973

海商审判庭：负责审理由本院管辖的海商一审案件；办理海商案件审判的其他相关工作事宜。

联系电话：0592-5289930

行政和生态环境审判庭：负责审理由本院管辖的海事海商行政一审案件；办理行政案件、生态环境案件审判的其他相关工作事宜。

联系电话： 0592-5287750

审判监督庭：负责办理本院审判监督事项；审查本院已经发生法律效力的判决、裁定的申诉；审理判决、裁定确有错误的再审案件；办理审判监督的其他相关工作事宜。

联系电话：0592-5287751

审判管理办公室：负责日常案件流程管理工作；负责案件质量评查监督工作；负责司法统计及审判态势分析工作；负责审判管理日常协调和统合指导工作；负责法官审判业绩考评和庭审技能考核工作；负责重特大案件、敏感案件的动态跟踪工作；负责审判委员会日常工作；其他审判综合管理工作。

联系电话：0592-5289931

涉台案件审判庭（自由贸易区案件审判庭）：负责审理一审涉台海事、海商以及自贸区的案件，并负责处理涉台相关事务。

地址：厦门市海沧区兴港一里197号涉台审判大楼4楼；

联系电话：0592-6197105，0592-6197301（传真）

执行局：协调管理本院执行工作事宜。依法执行本院一审已发生法律效力的判决、裁定及调解协议中有关财产的决定；执行法律规定由本院执行的其他法律文书；办理其他相关的执行工作事宜。

联系电话：0592-5289961

研究室：负责起草本院综合性文件和有关会议资料，编写工作简报、年鉴、内部调研信息、专题材料等；办理本院审判委员会会议、院长办公会议、院务会议等会务工作；编撰典型案例，答询本院审判工作中有关法律、法规、政策及法理性问题；掌握分析海商、海事审判工作动态，进行调查研究，提出工作意见和建议；草拟与本院有关的法规性文件，参与修改有关地方性法规并提出立法建议；负责法制宣传、新闻报道工作；管理图书资料等。

联系电话：0592-5283228

政治部：负责本院思想政治和教育培训工作；按照管理权限办理人事调配、劳动工资、机构编制以及考评、任免、奖惩等工作。

联系电话：0592-5280073

督察室：开展审务督察工作。依照《中华人民共和国公务员法》等规定在本院党组授权范围内对工作人员给予处分。督促开展党风廉政建设。承担内部审计工作。研究拟订本院督察工作有关规章制度。承担本院党组交办的其他事项。

联系电话：0592-5283360

机关党委：负责本院机关党群工作。

联系电话：0592-5283356

直属机构：

司法警察支队：负责本院司法警察管理工作，维护本院法庭秩序，协助执行发生法律效率的判决、裁定和决定，执行其他应由司法警察执行的任务。

联系电话：0592-5289985

派出机构：

福州法庭：负责审理发生在福州地区的一审海事海商案件。

地址：福州市鼓楼区江滨西大道58号福州市鼓楼区人民法院十七楼；

联系电话：0591-88028066，0591-88028086（传真）；

宁德法庭：负责审理发生在宁德地区的一审海事海商案件。

地址：福建省宁德市东侨经济开发区清源路1号，宁德中级人民法院四楼；

联系电话：0593-2975720。

东山法庭：负责审理发生在东山地区的一审海事海商案件。

地址：福建省漳州市东山县人民法院六楼；

联系电话：0596-5655126，0596-5655136（传真）。